Impactos econômicos têm afetado a Universidade de Pernambuco. Segundo reitor da instituição, Pedro Falcão, a instituição enfrenta dificuldades para a manutenção da infraestrutura e do mobiliário das unidades, aquisição de acervo bibliográfica, e incentivo à participação de professores e estudantes em eventos científicos. Além disso, há a diminuição da produção científica e pleitos dos professores e servidores tiveram que ser adiados.
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A crise econômica tem trazido consequências negativas em todas as áreas. O corte de recursos tema agravado ainda mais os antigos problemas de financiamento. Pedro Falcão reconheceu que a UPE tem sofrido, os impactos da crise econômica.
O centro universitário possui campus espalhados por diversas cidades do estado, como Arcoverde, Caruaru, Garanhuns, Nazaré Da Mata, Palmares, Petrolina, Salgueiro e Serra Talhada. Além disso, a UPE ainda conta com centros de referência em saúde, como o Hospital Oswaldo Cruz, o pronto Socorro Cardiológico de Pernambuco, Procape, e o Centro Amaury De Medeiros, Cisam. Mas apesar da universidade ser reconhecida no brasil todo, o centro vive sérios problemas financeiros e estruturais.
Alunos da Escola Politícnica de Pernambuco (Poli), a faculdade de engenharia da universidade, têm se queixado dos equipamentos quebrados e da falta de estrutura nas salas. A mesma reclamação é feita pelos alunos do Campus Petrolina, no interior do estado, que se queixam de iluminação, de calçamento precário e até de rachaduras no prédio.